浙江大学舟山海洋研究中心党建工作坚持以邓小平理论和“三个代表”重要思想为指导，全面贯彻落实科学发展观，以加强党的执政能力建设和先进性建设为主线，以深入开展党的群众路线实践教育、“三严三实”和“两学一做”活动为契机，紧紧围绕服务浙江舟山群岛新区建设的核心任务，坚持凝心聚力，突出创新实干，认真抓好党员的思想政治建设，统筹推进基层组织建设和人才队伍建设，努力打造一支“团结协作、创新务实、精干高效”的科研队伍，充分展示海洋科技领域资源优势，大力拓展中心科研项目合作平台，为中心稳步发展提供坚强的思想和组织保证。

中心现有基层党组织4个，其中党委1个，总支1个，党支部2个，现有党员22名。